黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第二醫(yī)院的前身為成立于1963年的黑龍江中醫(yī)學院附屬醫(yī)院門診部，1992年成立黑龍江中醫(yī)學院附屬第二醫(yī)院，并在中醫(yī)院校中率先實行"院系合一"管理體制，1997年，更名為"黑龍江中醫(yī)藥大學針灸推拿學院暨附屬第二醫(yī)院"，2011年，黑龍江中醫(yī)藥大學康復醫(yī)學院成立，落戶黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第二醫(yī)院。黑龍江中醫(yī)藥大學附屬第二醫(yī)院是集醫(yī)療、教學、科研于一體，突出中醫(yī)針灸、推拿、康復特色的綜合性正規(guī)甲等中醫(yī)醫(yī)院，黑龍江省針灸推拿康復醫(yī)療中心，中醫(yī)中風病醫(yī)療中心建設(shè)單位、首批核心中醫(yī)院（現(xiàn)代化中醫(yī)醫(yī)院）建設(shè)單位，中醫(yī)醫(yī)院中醫(yī)藥文化建設(shè)試點單位。

醫(yī)院占地面積8500余平方米，總建筑面積42591平方米，設(shè)有針灸、推拿、康復、骨傷、內(nèi)、外、婦、兒等41個臨床科室，醫(yī)技科室5個，三個中心，編制床位800張，通達床位床位996張。醫(yī)院現(xiàn)有員工937名，專業(yè)技術(shù)人員455名。高職醫(yī)生教授149人,享受國務(wù)院、省特殊津貼5人，省級中青年醫(yī)生2人，省衛(wèi)生系統(tǒng)有突出貢獻中青年醫(yī)生7人，省級名中醫(yī)15人，博士、碩士研究生導師91人。

醫(yī)院針灸學學科、中醫(yī)康復學學科、推拿學學科、中醫(yī)老年病學學科為中醫(yī)藥管理局核心學科；中醫(yī)預(yù)防醫(yī)學學科為中醫(yī)藥管理局培育學科；針灸推拿學學科、中醫(yī)康復學學科、中醫(yī)婦科學學科、中醫(yī)骨傷科學學科為黑龍江省級領(lǐng)軍人才梯隊；針灸推拿學學科、中醫(yī)康復學學科、中醫(yī)骨傷科學學科為黑龍江省核心學科（教育廳）；中醫(yī)骨傷科學學科、中醫(yī)推拿學學科、中醫(yī)肝膽病學學科，中醫(yī)痹病學學科、中醫(yī)康復學學科為黑龍江省中醫(yī)管理局核心學科。腦病科、康復科為中醫(yī)臨床核心專科，腦病科、康復科、婦科、針灸科、骨傷科為核心?？平ㄔO(shè)項目，重癥醫(yī)學科、臨床藥學為核心?？婆嘤椖?。針灸科、骨傷科、婦科、推拿科、老年病科、重癥醫(yī)學科、腎病科、癃閉、延髓麻痹、類風濕關(guān)節(jié)炎、痔瘡、中風病、脊髓損傷、糖尿病足為黑龍江省中醫(yī)管理局核心?？疲▽２。，F(xiàn)有3個名老中醫(yī)藥醫(yī)生傳承工作室（于致順、孫申田、高維濱名醫(yī)工作室）

學院（針灸推拿學院及康復醫(yī)學院）現(xiàn)有七年制中醫(yī)學（針灸推拿方向）、針灸推拿學、針灸推拿學（英語方向）、針灸推拿學（康復方向）、康復治療學兩個專業(yè)三個專業(yè)方向，其中省級核心專業(yè)1個。承擔針灸推拿本科、?？啤⒀芯可?、留學生等基礎(chǔ)、臨床教學和實習任務(wù)，并接受省內(nèi)外及國外進修生。設(shè)有14個教研室，具有一級學科博士授權(quán)點1個、一級學科碩士授權(quán)點2個、二級學科博士授權(quán)點4個、二級學科碩士授權(quán)點9個。

近年來，醫(yī)院獲各級科技成果146項，其中獎項1項、部省級獎項42項，獲專利6項。"刺針項頸部腧穴治療真性延髓麻痹臨床應(yīng)用研究"項目榮獲科技進步二等獎，結(jié)束了真性延髓麻痹不能治愈的歷史，開創(chuàng)了中醫(yī)刺針方法治療疑難危重癥的新領(lǐng)域。

醫(yī)院先后榮獲："省平安建設(shè)平安醫(yī)院"、"黑龍江省衛(wèi)生文化建設(shè)先進單位"、教科文衛(wèi)體"抗震救災(zāi)工人先鋒號"、"全省衛(wèi)生系統(tǒng)民主評議醫(yī)院行風工作較佳單位"，"黑龍江省衛(wèi)生系統(tǒng)創(chuàng)建群眾滿意醫(yī)院活動先進集體"、"模范職工小家"、"黑龍江省文明單位"、"省中醫(yī)藥工作先進集體"、"省愛國衛(wèi)生先進單位"、"黑龍江省教育系統(tǒng)三育人先進集體"、"中醫(yī)藥系統(tǒng)創(chuàng)先爭優(yōu)活動先進集體"、"中醫(yī)藥應(yīng)急工作先進集體"等榮譽稱號。