黔東南州民族醫(yī)藥研究所成立于1984年，至今主要從事苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥的發(fā)掘、整理、總結(jié)、提高工作，編撰出版了《苗族藥物集》《苗族醫(yī)學(xué)》《侗族藥物圖鑒》《侗族藥物方劑學(xué)》等書籍，研發(fā)了瑤族藥物1個(gè)，建立了黔東南州苗族藥物侗族藥物標(biāo)本館。 2009年后，黔東南州苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥的發(fā)展進(jìn)入了提高臨床水平和科學(xué)水平的階段。在州、州的重視下， 2010年黔東南州民族醫(yī)藥研究所建立了一所專業(yè)、公益的“苗醫(yī)醫(yī)院”，被中醫(yī)藥管理局列為“十二五”時(shí)期核心民族醫(yī)醫(yī)院建設(shè)單位，2013年經(jīng)考核，評(píng)定為二級(jí)甲等民族醫(yī)醫(yī)院。該醫(yī)院占地面積1600平方米，醫(yī)療用房約6000平方米；全院現(xiàn)有職工157人，其中衛(wèi)技人員135人（正高1人，副高 14人，中級(jí)24人，初級(jí)96人），民族民間醫(yī)師6名；醫(yī)院設(shè)有針灸科、骨傷科、風(fēng)濕病科、治未病?康復(fù)科、肺病科、急診科、內(nèi)科門診、骨傷科門診、咳嗽病專病門診、蜂療科、婦科門診、民醫(yī)堂、藥劑科、化驗(yàn)室、B超室、放射室等臨床科室及科研實(shí)驗(yàn)室，有飛利浦彩超、西門子全生化分析儀、CR影像機(jī)及中醫(yī)診療設(shè)備等醫(yī)療設(shè)備。醫(yī)院堅(jiān)持以苗醫(yī)藥特色立院、科研興院、人才強(qiáng)院的戰(zhàn)略方針，注重保護(hù)和傳承苗醫(yī)藥、侗醫(yī)藥非物質(zhì)文化遺產(chǎn)，注重苗醫(yī)藥侗醫(yī)藥與中醫(yī)學(xué)、現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的結(jié)合，充分發(fā)揮苗醫(yī)藥、侗醫(yī)藥使用來自于當(dāng)?shù)刈匀画h(huán)境中的天然藥物，在治療與當(dāng)?shù)刈匀画h(huán)境以及生產(chǎn)、生活方式相關(guān)的疾病獨(dú)特，靠譜性較高的優(yōu)勢(shì)以及在預(yù)防保健中的優(yōu)勢(shì)，受到病員及社會(huì)的好評(píng)。 黔東南州民族醫(yī)藥研究院承擔(dān)了、貴州省科技教育人才省長(zhǎng)專項(xiàng)資金、貴州省科技廳、貴州省衛(wèi)生廳科研課題，獲得過貴州省人民、貴州省醫(yī)學(xué)會(huì)、黔東南州人民科技進(jìn)步獎(jiǎng)10余項(xiàng)，發(fā)表學(xué)術(shù)論文50余篇。