1951年政務(wù)院正式批準(zhǔn)在下建立針灸實(shí)驗(yàn)所，下設(shè)門診部，廣泛開展針灸醫(yī)療并培訓(xùn)針灸人才。

1955年中醫(yī)研究院成立，經(jīng)中央文委批準(zhǔn)，針灸實(shí)驗(yàn)所改名為中醫(yī)研究院針灸研究所，設(shè)有五個(gè)針灸治療室、X光室、化驗(yàn)室以及生理、生化解剖等基礎(chǔ)研究室。

1983年，針灸研究所被確定為世界衛(wèi)生組織傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)（針灸）合作中心，門診開展了以針灸為主治療神經(jīng)循環(huán)運(yùn)動(dòng)消化呼吸內(nèi)分泌泌尿生殖系統(tǒng)以及疼痛性和疑難雜癥，均取得良好效果，受到患者好評(píng)。

2003年針灸研究所門診部通過加強(qiáng)內(nèi)涵建設(shè)，提高服務(wù)質(zhì)量，實(shí)現(xiàn)了計(jì)算機(jī)聯(lián)網(wǎng)管理，年底，被評(píng)為北京市醫(yī)保定點(diǎn)單位，使服務(wù)質(zhì)量和門診量得到了進(jìn)一步提高。

2005年11月中醫(yī)研究院更名為中醫(yī)科學(xué)院，同時(shí)決定將針灸研究所門診部變更為“中醫(yī)科學(xué)院針灸醫(yī)院”，并由上級(jí)衛(wèi)生主管部門頒發(fā)了中醫(yī)科學(xué)院針灸醫(yī)院執(zhí)業(yè)許可證。

中醫(yī)科學(xué)院針灸醫(yī)院是以針灸為主的綜合性醫(yī)療機(jī)構(gòu)，科室設(shè)施較全，擁有一支高年資、高水平的臨床隊(duì)伍，開設(shè)了內(nèi)、外、婦、兒、皮膚、五官、口腔、腫瘤、骨傷、推拿以及中醫(yī)、針灸等20多個(gè)臨床科室，共有醫(yī)務(wù)人員百余名，在針灸治療各種疼痛性疾病、冠心病心絞痛、高血壓、缺血性血管病、胃下垂、良性甲狀腺結(jié)節(jié)、單純性面神經(jīng)麻痹、肩關(guān)節(jié)周圍炎、頸椎病、中心性視肉膜脈絡(luò)膜病變以及針灸養(yǎng)生保健、抗疲勞、抗衰老等方面均取得了較好的效果。

中醫(yī)科學(xué)院針灸醫(yī)院將竭誠為海內(nèi)外患者提供醫(yī)療保健服務(wù)。